適格合併において、被合併法人が有していた繰越欠損金は、原則として合併法人に引き継がれる。（一定の完全支配関係内の法人の清算においても類似の規定が定められている）
ただし、多額の繰越欠損金を有する会社を買収して取り込むという租税回避行為が行われないよう、一定の場合に、引き継げる繰越欠損金に制限が課せられる。
※非適格合併では、被合併法人の持つ繰越欠損金は消滅する。
佐藤信祐『組織再編における繰越欠損金の税務詳解』中央経済社 を参考に加筆・修正し作成
上図における「みなし共同事業要件」を満たす組織再編とは、完全支配関係内または支配関係内の適格組織再編のうち、以下の「規模同等によるみなし共同事業」または「双方経営参画によるみなし共同事業」のいずれかを満たすものをいう。
以下の３つの要件をいずれも満たす合併。
以下の２つの要件を共に満たす合併。
※特定役員とは、社長、副社長、代表取締役、代表執行役、専務取締役若しくは常務取締役又はこれらに準ずる者で法人の経営に従事している者をいう。
支配関係発生日の属する事業年度以降に発生した繰越欠損金は引き継がれ、それ以前の繰越欠損金は消滅する。
※ただし、上記引継可の繰越欠損金であっても、特定資産譲渡等損失（支配関係発生事業年度期首に保有し、支配関係発生日までに処分した資産を含む）により発生したものは除く。
また、引継不可の繰越欠損金であっても、支配関係発生事業年度の直前事業年度末における時価純資産超過額を算定し別表添付した場合は、その超過額までの繰越欠損金は引き継ぐことができる。
上記のとおり、適格合併の場合、グループ化の事業年度以後に発生した繰越欠損金は原則引き継ぐことができるが、それより前に発生したものには制限が課されている。このグループ化前の繰越欠損金まで引き継げる適格合併をまとめると、以下のとおりである。
上記はいずれも税負担軽減を主目的としない合理的な経営判断の元、実質的に行われていることが前提である。不自然な増減資や形式だけの役員就任は、税務否認されるリスクが高い。
なお、欠損法人を合併法人にする場合や、黒字会社の事業を適格分割により欠損法人に移転させる場合には、繰越欠損金の利用制限規定が適用され、ほぼ同じ制限が課される。
合併法人と被合併法人の決算日が異なる場合、引き継いだ被合併法人の欠損金は、当該発生事業年度開始の日の属する合併法人の各事業年度において生じた欠損金とみなされる。
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